福建省稻田土壤细菌群落的16S rDNA-PCR-DGGE分析

被引：17

作者：

李友发 ^{[1
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宋兵 ^{[1
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宋亚娜 ^{[1
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郑斯平 ^{[1
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翟焕趁 ^{[1
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郑伟文 ^{[1
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机构：

[1] 福建省农业科学院生物技术研究所

[2] 福建农林大学生命科学院

来源：

微生物学通报 | 2008年 / 11期

关键词：

稻田土壤; 细菌群落; 16S rDNA-PCR-DGGE;

D O I：

10.13344/j.microbiol.china.2008.11.022

中图分类号：

S154.3 [土壤微生物学];

学科分类号：

071012 ; 0713 ;

摘要：

用不依赖细菌培养的16S rDNA-PCR-DGGE方法对福建省6个不同地区12个取样点的稻田土壤进行细菌群落结构分析。对12份样品直接提取其总DNA,用F341GC/R534引物扩增16S rDNA基因的V3可变区,结合DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术分析样品细菌群落组成。结果表明,福建省不同地区的稻田土壤之间细菌群落结构存在较大差异,大体上可分为闽东、闽南、闽北、闽西4个大类。同一地区的根际土和表土样品之间也存在差异,但差异相对较低,其中龙岩根际土和表土细菌群落结构相似性最大,永泰差异性最大。回收了DGGE图谱中11个条带,测序结果经过Blast比对表明其中10个条带代表的细菌是不可培养的,显示了DGGE技术的优越性。

引用

页码：1715 / 1720

页数：6

共 8 条

[1] PCR-DGGE法研究福建省稻田土壤微生物地区多态性 [J].

罗青 ;

宋亚娜 ;

郑伟文 .

中国生态农业学报, 2008, (03) :669-674

[2] 超高产水稻根际微生物类群数量初探 [J].

段红平 ;

张乃明 ;

李进学 ;

杨高群 ;

师常俊 .

中国农学通报, 2007, (02) :285-289

[3] 几种水稻田土壤微生物总DNA提取方法的比较 [J].

顾华杰 ;

李玉祥 ;

赵明文 ;

潘根兴 .

江苏大学学报(医学版), 2005, (04) :300-305

[4] 从土壤样品中提取和纯化微生物DNA方法研究进展 [J].

张秀敏 ;

徐金娥 ;

王海祥 .

保定师范专科学校学报, 2005, (02) :34-39

[5] PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 [J].

罗海峰 ;

齐鸿雁 ;

薛凯 ;

张洪勋 .

生态学报, 2003, (08) :1570-1575

[6]

Biodiversity and seasonal variation of the cyanobacterial assemblage in a rice paddy field in Fujian, China[J] . FEMS Microbiology Ecology . 2005 (1)

[7] Evaluation of denaturing gradient gel electrophoresis in the detection of 16S rDNA sequence variation in rhizobia and methanotrophs [J].

Vallaeys, T ;

Topp, E ;

Muyzer, G ;

Macheret, V ;

Laguerre, G ;

Rigaud, A ;

Soulas, G .

FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 1997, 24 (03) :279-285

[8]

Potential risks of gene amplification by PCR as determined by 16S rDNA analysis of a mixed-culture of strict barophilic bacteria[J] . W. Liesack,H. Weyland,E. Stackebrandt.Microbial Ecology . 1991 (1)

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