从97条ISSR引物中筛选出14条能扩增出清晰的具有多态性DNA谱带的引物,分别对24份甜橙种质基因组总DNA进行PCR扩增,共获得147个位点,其中54个位点具有多态性。利用SPSS13.0软件对数据进行分析,结果显示,24份甜橙种质间相似系数在0.815~0.983之间,表明24份甜橙种质间亲缘关系较近;相似系数在0.851处,24份甜橙种质被分为3组,ISSR分子标记的分析结果与形态学观察及传统分类结果基本吻合。通过对PCR扩增谱带的分析,结果显示,引物CW39119为‘奈维林娜脐橙’种质的特异性标记,引物CW32439为‘红肉脐橙’红梗与白梗种质的特异性标记,引物CW32445为‘纽荷尔脐橙’与‘脐橙52号’种质的特异性标记。