油菜EST资源的SSR信息分析

被引：68

作者：

李小白

张明龙

崔海瑞

机构：

[1] 浙江大学原子核农业科学研究所

来源：

中国油料作物学报 | 2007年 / 01期

关键词：

油菜; EST; SSR; 频率; 特性;

D O I：

暂无

中图分类号：

S565.4 [油菜籽（芸薹）];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的89.05%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的84.04%和35.71%,同时对这些SSR的可用性进行了评价。

引用

页码：20 / 25

页数：6

共 14 条

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