茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

被引：30

作者：

王丽鸳 ^{[1
]}

姜燕华 ^{[1
]}

段云裳 ^{[2
]}

成浩 ^{[1
]}

周健 ^{[1
]}

曾建明 ^{[1
]}

机构：

[1] 中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心

[2] 南京农业大学

来源：

植物遗传资源学报 | 2009年 / 10卷 / 04期

关键词：

茶树; EST-SSRs; 分子标记; 多态性;

D O I：

10.13430/j.cnki.jpgr.2009.04.006

中图分类号：

S571.1 [茶];

学科分类号：

0902 ; 090203 ;

摘要：

为了在茶树中开发EST-SSR s功能性标记,利用生物信息学方法对NCB I网上公开的3288条茶树(Cam ellia sinensis)ESTs序列进行EST-SSR s特征分析。剔除冗余序列,得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSR s的EST序列有385条,共486个EST-SSR s,平均相隔2.10 kb出现1个SSR。在2～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSR s出现频率最高(51.97%),其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最高的是AG/CT(47.74%),其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prim e 5软件,设计了206对EST-SSR s引物,随机选用72对引物进行SSR扩增,发现31对引物可以扩增出条带,其中29对引物具有多态性,多态性比率为93.5%。这些EST-SSR s将有助于茶树基因组学方面的研究。

引用

页码：511 / 516

页数：6

共 8 条

[1] 基于EST-SSR的西南茶区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析 [J].