InDel和SNP标记在水稻图位克隆中的应用

被引：40

作者：

潘存红

王子斌

马玉银

殷跃军

张亚芳

左示敏

陈宗祥

潘学彪

机构：

[1] 扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室/植物功能基因组学教育部重点实验室

来源：

中国水稻科学 | 2007年 / 05期

关键词：

插入缺失长度多态性; 单核苷酸多态性; 分子标记; 生物信息学; 图位克隆; 水稻; 卷叶基因;

D O I：

10.16819/j.1001-7216.2007.05.001

中图分类号：

S511 [稻];

学科分类号：

0901 ;

摘要：

在水稻功能基因的图位克隆中,常需要高密度的分子标记,而目前公布的各种标记的密度还远未达到令人满意的程度。InDel和SNP标记是新型的分子标记类型,基本可以满足精细定位目的基因的需要。InDel和SNP标记可以较容易地通过生物信息学的方法获得,而且经济实用、特异性高、稳定性好。介绍了设计InDel和SNP标记的方法,并以一个水稻卷叶基因的研究为实例,介绍了在基因精细定位研究中利用这两种标记的方法和提高标记设计成功率的注意点。

引用

页码：447 / 453

页数：7

共 7 条

[1] 一种基于聚合酶链式反应检测SNP的方法 [J].

郑艳萍 ;

Chander Subhash ;

杨小红 ;

周俊青 ;

李建生 ;

严建兵 .

中国农业大学学报, 2006, (03) :51-55

[2] 单核苷酸多态性检测分析技术 [J].

高秀丽 ;

景奉香 ;

杨剑波 ;

赵建龙 .

遗传, 2005, (01) :110-122

[3] 基于生物信息学的水稻候选SNP发掘 [J].

杨仑 ;

沈文飚 ;

陈虹 ;

姜洋 ;

张琳 ;

徐朗莱 .

中国水稻科学, 2004, (03) :3-9

[4] A B-lectin receptor kinase gene conferring rice blast resistance [J].

Chen, Xuewei ;

Shang, Junjun ;

Chen, Dexi ;

Lei, Cailin ;

Zou, Yan ;

Zhai, Wenxue ;

Liu, Guozhen ;

Xu, Jichen ;

Ling, Zhongzhuan ;

Cao, Gang ;

Ma, Bingtian ;

Wang, Yuping ;

Zhao, Xianfeng ;

Li, Shigui ;

Zhu, Lihuang .

PLANT JOURNAL, 2006, 46 (05) :794-804

[5] Development of PCR-based allele-specific and InDel marker sets for nine rice blast resistance genes [J].

Hayashi, K. ;

Yoshida, H. ;

Ashikawa, I. .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2006, 113 (02) :251-260

[6] Web-based primer design for single nucleotide polymorphism analysis [J].

Neff, MM ;

Turk, E ;

Kalishman, M .

TRENDS IN GENETICS, 2002, 18 (12) :613-615

[7]

Primer Premier: Program for Design of Degenerate Primers from a Protein Sequence[J] . Vinay K. Singh,A.K. Mangalam,S. Dwivedi,S. Naik.BioTechniques . 1998 (2)

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