肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

被引：12

作者：

姚昕 ^{[1
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毛群颖 ^{[1
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黄维金 ^{[1
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何鹏 ^{[1
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周诚 ^{[1
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张卫 ^{[2
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梁争论 ^{[1
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李凤祥 ^{[1
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王军志 ^{[1
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机构：

[1] 中国药品生物制品检定所

[2] 北京市疾病预防控制中心

来源：

中华流行病学杂志 | 2009年 / 07期

关键词：

肠道病毒71型; 基因型; 手足口病;

D O I：

暂无

中图分类号：

R72 [儿科学];

学科分类号：

100202 ;

摘要：

目的了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点。方法收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM-3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA。利用RT-PCR和5′、3′RACE扩增EV71全长基因。对PCR产物克隆和测序。利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树。结果分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株。BJ08的5′非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3′非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分别为95.6%～96.7%、88.3%～96.1%、78.1%～94.0%、90.8%～94.6%、85.9%～94.1%和90.9%～93.9%。BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%。在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支。BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92～107aa)无变异。结论北京BJ08 EV71病毒分离株为C4亚型。

引用

共 3 条

[1] 1970～2004年全球肠道病毒71型分离株的分子流行病学分析 [J].

董晓楠 ;

应剑 ;

陈应华 .

科学通报, 2007, (09) :1021-1027

[2] 我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析 [J].

周世力 ;

李琳琳 ;

何雅青 ;

杨洪 ;

喻子牛 ;

金奇 .

病毒学报, 2004, (01) :7-11

[3]

Molecular epidemiology of enterovirus 71 in peninsular Malaysia, 1997–2000[J] . L. J. Herrero,C. S. M. Lee,R. J. Hurrelbrink,B. H. Chua,K. B. Chua,P. C. McMinn.Archives of Virology . 2003 (7)

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