适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用

目的对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析,确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物。方法从HIV序列数据库下载CRF07BC、CRF08BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列,经序列比对后设计gag基因扩增引物;获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树,评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性,并检测部分样本以评定效果。结果目前我国常用的gag基因306/c-gag引物扩增片段（HXB2 836～1507）构建的系统进化树中,CRF07BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70%和59%,其可靠性较低,难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断。而利用设计的gag基因GUX/GDX引物扩增片段（HXB2 781～1861）构建的系统进化树中,CRF07BC、CRF08BC和C亚型序列能够独立成簇,其Bootstrap值分别为99%、99%和77%,具有较高的可靠性。在实际应用中,新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率,获得序列形成B、C亚型和CRF01AE、CRF07BC、CRF08BC等5个大的进化簇,其Bootstrap值均超过80%。即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树。结论 GUX/GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树,用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型,尤其是BC重组毒株和C亚型毒株。该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值。