亚麻EST-SSR信息分析与标记开发

被引：9

作者：

龙松华 ^{[1
]}

李翔 ^{[2
]}

邓欣 ^{[1
]}

王玉富 ^{[1
]}

王进 ^{[1
]}

何东锋 ^{[2
]}

陈信波 ^{[1
,2
]}

机构：

[1] 中国农业科学院麻类研究所

[2] 湖南农业大学作物基因工程湖南省重点实验室

来源：

武汉植物学研究 | 2010年 / 28卷 / 05期

关键词：

亚麻; 分子标记; EST; SSR;

D O I：

暂无

中图分类号：

S563.2 [亚麻];

学科分类号：

摘要：

与基因组SSR相比,以EST为基础的EST-SSR分子标记具有自身的优点。本研究从11240条亚麻(Linum sitatissmum L.)EST序列中检索出877条含有SSR的序列,其出现频率为7.8%。其中以三核苷酸重复出现的频率最高,占总SSR序列的60.1%;其次是二核苷酸重复,占21.9%;四、五和六核苷酸重复占18%。根据这些含SSR的EST序列共设计了73对SSR引物,在8份亚麻材料间通过PCR扩增检测,有63对引物扩增出清晰条带,引物可用率86.3%;有17对引物在8份亚麻材料间显现出多态性,占可扩增引物的26.3%。

引用

收藏

页码：634 / 638

页数：5

相关论文

共 15 条

[1] 亚麻EST序列中SSR标记的筛选 [J].

张建平 ;

王斌 ;

赵丽娟 ;

王利民 ;

杨崇庆 ;

颉瑞霞 ;

党占海 .

西北植物学报, 2009, 29 (05) :910-915

[2] EST-SSRs的开发及应用研究进展 [J].

王家麟 ;

孙佳莹 ;

于清岩 ;

李亮 ;

王艳丽 ;

宋金壑 ;

刘春燕 ;

胡国华 ;

陈庆山 .

生物信息学, 2007, (03) :140-142

[3] 白菜EST-SSR信息分析与标记的建立 [J].

忻雅 ;

崔海瑞 ;

卢美贞 ;

姚艳玲 ;

金基强 ;

林容杓 ;

崔水莲 .

园艺学报, 2006, (03) :549-554

[4] 茶树EST-SSR的信息分析与标记建立 [J].

金基强 ;

崔海瑞 ;

陈文岳 ;

卢美贞 ;

姚艳玲 ;

忻雅 ;

龚晓春 .

茶叶科学, 2006, (01) :17-23

[5] EST-SSR标记的发展和在植物遗传研究中的应用 [J].

谢皓 ;

陈学珍 ;

杨柳 ;

王建立 .

北京农学院学报, 2005, (04) :73-76

[6] 从小麦EST序列中开发新的SSR引物 [J].

陈军方 ;

任正隆 ;

高丽锋 ;

贾继增 .

作物学报, 2005, (02) :154-158

[7] SSR分子标记开发策略及评价 [J].

张增翠 ;

侯喜林 .

遗传, 2004, (05) :763-768

[8] 拟南芥基因密码子偏爱性分析 [J].

范三红 ;

郭蔼光 ;

单丽伟 ;

胡小平 .

生物化学与生物物理进展, 2003, (02) :221-225

[9] Development and analysis of EST-SSRs for flax (Linum usitatissimum L.) [J].

Cloutier, Sylvie ;

Niu, Zhixia ;

Datla, Raju ;

Duguid, Scott .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2009, 119 (01) :53-63

[10] Frequency, type, distribution and annotation of simple sequence repeats in Rosaceae ESTs [J].

Jung S. ;

Abbott A. ;

Jesudurai C. ;

Tomkins J. ;

Main D. .

Functional & Integrative Genomics, 2005, 5 (3) :136-143