项目制的实施使得我国大学与政府关系从"单位制"时代的完全依附关系与行政隶属关系转变为项目制时代的资源依赖关系与策略互动关系。项目制与学术自由、大学自治存在内在紧张关系,反映了项目治理与学术治理的冲突。项目制衍生了新的大学与政府的关系格局,规训了高校与教师群体的行动逻辑,产生了"项目异化"、大学组织体系扩张、教师群体内部分化、学术腐败、学术工厂化、大学发展同质化等"意外后果"。教育行政的平衡论认为,推进政府干预与学术自由的平衡是教育行政发展的必然趋向。推进政府由"全能型政府"向"服务型政府转型,构建利益相关者多元利益诉求机制。通过重构项目制,赋予学术共同体更多的权利,避免政府对于大学治理的过度干预。