木薯EST资源的SSR信息分析

被引：25

作者：

彭丁文

郑柳城

朱宏波

机构：

[1] 广东海洋大学农学院

来源：

中国农学通报 | 2008年 / 02期

关键词：

木薯; EST; SSR信息;

D O I：

暂无

中图分类号：

S533 [木薯（树薯）];

学科分类号：

090104 [作物信息科学与技术];

摘要：

为了进一步利用现有木薯EST-SSR资源,笔者从NCBI公共数据库下载了38411条木薯EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为4.16×103kb的无冗余序列5401条。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列595条,共691个SSR,平均相隔6.02kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别是11.02%和18.89bp。在1～6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%)。出现较多的重复基元是A/T(29.23%),其次是AG/CT(24.75%)。结果说明,木薯的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值。

引用

页码：433 / 436

页数：4

共 23 条

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