甘薯EST资源的SSR信息分析

被引:23
作者
黄立飞
房伯平
陈景益
张雄坚
罗忠霞
机构
[1] 广东省农业科学院作物研究所
基金
广东省自然科学基金; 广东省科技计划;
关键词
甘薯; EST-SSR; 基元;
D O I
10.13592/j.cnki.ppj.2009.01.015
中图分类号
S531 [甘薯(红薯)];
学科分类号
090104 [作物信息科学与技术];
摘要
从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别为4.4%和24.28bp。在2~6bp的重复基元中,六核苷酸重复基元出现频率最高(30.96%),其次是三核苷酸重复基元(29.59%)和二核苷酸重复基元(24.54%)。出现最多的重复基元是AG/CT(16.28%),其次是AAG/CTT(11.01%)。
引用
收藏
页码:23 / 27
页数:5
相关论文
共 17 条
[1]
人参EST资源的SSR信息分析 [J].
杨成君 ;
王军 .
植物生理学通讯, 2008, (01) :69-73
[2]
木薯EST资源的SSR信息分析 [J].
彭丁文 ;
郑柳城 ;
朱宏波 .
中国农学通报, 2008, (02) :433-436
[3]
油菜EST资源的SSR信息分析 [J].
李小白 ;
张明龙 ;
崔海瑞 .
中国油料作物学报, 2007, (01) :20-25
[4]
辽宁省近15年的部分水稻主栽品种的简单重复序列(SSR)多态性分析 [J].
姜树坤 ;
王政海 ;
钟鸣 ;
张丽 ;
徐正进 ;
刘少霞 .
植物生理学通讯, 2007, (01) :69-72
[5]
茶树EST资源中SSR的信息分析 [J].
金基强 ;
李素芳 ;
龚晓春 ;
卢美贞 ;
姚艳玲 ;
忻雅 ;
崔海瑞 .
科技通报, 2006, (04) :471-476
[6]
拟南芥基因密码子偏爱性分析附视频 [J].
范三红 ;
郭蔼光 ;
单丽伟 ;
胡小平 .
生物化学与生物物理进展, 2003, (02) :221-225
[7]
Development of a genetic linkage map and identification of homologous linkage groups in sweetpotato using multiple-dose AFLP markers [J].
Cervantes-Flores, Jim C. ;
Yencho, G. Craig ;
Kriegner, Albert ;
Pecota, Kenneth V. ;
Faulk, Maria A. ;
Mwanga, Robert O. M. ;
Sosinski, Bryon R. .
MOLECULAR BREEDING, 2008, 21 (04) :511-532
[8]
Development and characterization of EST-SSR markers in the eastern oyster Crassostrea virginica [J].
Wang, Yongping ;
Guo, Ximing .
MARINE BIOTECHNOLOGY, 2007, 9 (04) :500-511
[9]
Mapping and characterization of new EST-derived microsatellites for potato (Solanum tuberosum L.) [J].
Feingold, S ;
Lloyd, J ;
Norero, N ;
Bonierbale, M ;
Lorenzen, J .
THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2005, 111 (03) :456-466
[10]
Characterization of EST-derived microsatellites in the wheat genome and development of eSSR markers [J].
Peng J.H. ;
Lapitan N.L.V. .
Functional & Integrative Genomics, 2005, 5 (2) :80-96