甘薯EST资源的SSR信息分析

被引：23

作者：

黄立飞

房伯平

陈景益

张雄坚

罗忠霞

机构：

[1] 广东省农业科学院作物研究所

来源：

植物生理学通讯 | 2009年 / 45卷 / 01期

基金：

广东省自然科学基金; 广东省科技计划;

关键词：

甘薯; EST-SSR; 基元;

D O I：

10.13592/j.cnki.ppj.2009.01.015

中图分类号：

S531 [甘薯（红薯）];

学科分类号：

090104 [作物信息科学与技术];

摘要：

从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别为4.4%和24.28bp。在2～6bp的重复基元中,六核苷酸重复基元出现频率最高(30.96%),其次是三核苷酸重复基元(29.59%)和二核苷酸重复基元(24.54%)。出现最多的重复基元是AG/CT(16.28%),其次是AAG/CTT(11.01%)。

引用

收藏

页码：23 / 27

页数：5

相关论文

共 17 条

[1]

人参EST资源的SSR信息分析 [J].

杨成君 ;

王军 .

植物生理学通讯, 2008, (01) :69-73

[2]

木薯EST资源的SSR信息分析 [J].

彭丁文 ;

郑柳城 ;

朱宏波 .

中国农学通报, 2008, (02) :433-436

[3]

油菜EST资源的SSR信息分析 [J].

李小白 ;

张明龙 ;

崔海瑞 .

中国油料作物学报, 2007, (01) :20-25

[4]

辽宁省近15年的部分水稻主栽品种的简单重复序列(SSR)多态性分析 [J].

姜树坤 ;

王政海 ;

钟鸣 ;

张丽 ;

徐正进 ;

刘少霞 .

植物生理学通讯, 2007, (01) :69-72

[5]

茶树EST资源中SSR的信息分析 [J].

金基强 ;

李素芳 ;

龚晓春 ;

卢美贞 ;

姚艳玲 ;

忻雅 ;

崔海瑞 .

科技通报, 2006, (04) :471-476

[6]

拟南芥基因密码子偏爱性分析附视频 [J].

范三红 ;

郭蔼光 ;

单丽伟 ;

胡小平 .

生物化学与生物物理进展, 2003, (02) :221-225

[7]

Development of a genetic linkage map and identification of homologous linkage groups in sweetpotato using multiple-dose AFLP markers [J].

Cervantes-Flores, Jim C. ;

Yencho, G. Craig ;

Kriegner, Albert ;

Pecota, Kenneth V. ;

Faulk, Maria A. ;

Mwanga, Robert O. M. ;

Sosinski, Bryon R. .

MOLECULAR BREEDING, 2008, 21 (04) :511-532

[8]

Development and characterization of EST-SSR markers in the eastern oyster Crassostrea virginica [J].

Wang, Yongping ;

Guo, Ximing .

MARINE BIOTECHNOLOGY, 2007, 9 (04) :500-511

[9]

Mapping and characterization of new EST-derived microsatellites for potato (Solanum tuberosum L.) [J].

Feingold, S ;

Lloyd, J ;

Norero, N ;

Bonierbale, M ;

Lorenzen, J .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2005, 111 (03) :456-466

[10]

Characterization of EST-derived microsatellites in the wheat genome and development of eSSR markers [J].

Peng J.H. ;

Lapitan N.L.V. .

Functional & Integrative Genomics, 2005, 5 (2) :80-96