甘蓝EST-SSR标记的开发与应用

被引：47

作者：

陈琛 ^{[1
,2
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庄木 ^{[1
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李康宁 ^{[3
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刘玉梅 ^{[1
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杨丽梅 ^{[1
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张扬勇 ^{[1
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程斐 ^{[2
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孙培田 ^{[1
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方智远 ^{[1
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机构：

[1] 中国农业科学院蔬菜花卉研究所

[2] 青岛农业大学

[3] 内蒙古农业大学

来源：

园艺学报 | 2010年 / 37卷 / 02期

关键词：

甘蓝; EST-SSR; 标记开发; 指纹图谱;

D O I：

10.16420/j.issn.0513-353x.2010.02.010

中图分类号：

S635.3 [花椰菜];

学科分类号：

090202 ;

摘要：

从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。

引用

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页数：8

共 24 条

[1] 大白菜回交导入系群体构建及其遗传分析 [J].