根据1982—2007年共26年的海洋生态调查数据,研究了大亚湾海洋生态环境与生物资源的演变趋势,并利用基于GIS的海湾生态系统健康评价法,对大亚湾海洋生态系统健康状况进行了评价与诊断。结果表明,2007年海水总无机氮(TIN)比1985年增长了338.1%,而活性磷酸盐和硅酸盐分别比1985年降低了88.6%和71.2%,氮磷比则从1.38∶1升高至大于50∶1,营养盐限制因子已由氮限制转变为磷限制,处于中等营养水平。浮游植物在1982—1990年和1994—2007年2个时段之间,硅藻平均减少了10属47种,甲藻平均减少了2属14种,以翼根管藻(Rhizosolenia alata)等为代表的细胞个体较大的藻类,所占比重由1982年的91.0%下降到2007年的19.6%,群落组成趋向小型化。浮游动物生物量总体呈增长趋势,其中湿重生物量2007年比1982年增长87.3%,1998—2007年比1982—1994年常见种减少了15种,球型侧腕水母(Pleurobrachia globosa)、夜光虫(Noctiluca scientillans)等取代部分桡足类成为优势种。底栖动物生物量呈上升趋势,但群落组成变化明显,2000年后底栖甲壳类完全退出优势种的行列。大亚湾游泳生物的渔获率总体呈下降趋势,2007年大亚湾海域渔获率比1985年下降33.9%,鱼类小型化和低值化的趋势十分明显。2007年大亚湾生态系统健康评价所得的健康综合指数平均值为0.64,仍处于"较好"水平,但面临着向"临界"状态转化的危险。大亚湾生态系统正经历着快速的退化过程,本研究结果可为基于生态系统水平的大亚湾综合管理提供科学依据。